Была образована в 1992 году. Наряду с Калмыкией СЭЗ «Алтай» относится к числу наиболее перспективных льготных юрисдикции России. В настоян время регистрация предприятий в СЭЗ осуществляется на основе закона Алтайского края «О свободной экономической зоне «Алтай», принятого в 1997 году. Важно отметить, что создание СЭЗ было поддержано на федеральном уровне, и правительственные постановления закрепили льготный статус СЭЗ и полномочия администрации по управлению льготной зоной. Предприятия с льготным статусом регистрируются алтайской краевой администрацией г. Барнауле.
Предприятия СЭЗ освобождены от региональных и местных налогов, зарегистрированным компаниям предоставляются существенные льготы по НДС.
В СЭЗ «Алтай» установлен следующий режим налогообложения для льготных предприятий: налог на прибыль 13%; налог на пользователей автодорог 1,25%. Существует возможность снижения налога добавленную стоимость на 25%. К специфическим условиям функционирования льготных предприятий в СЭЗ относятся следующие:
— зарегистрированное льготное предприятие должно иметь счет г. Барнауле, на котором находится сумма в размере 50% уставного капитала;
— функционирование предприятия обеспечивается региональными представительствами СЭЗ, при этом каждое предприятие имеет своего куратора, которому сдается квартальная и авансовая отчетность.
Администрация СЭЗ оказывает комплекс услуг по «сопровождению» компании, включая доставку почты, поступившей на ее юридический адрес, а также ряд методических услуг.
Предприятие, зарегистрированное в СЭЗ, не обязано ограничивать деятельность территорией зоны. Особенности предоставления льготного статуса ориентируют владельцев на осуществление деятельности в других регионах РФ и за рубежом. От СЭЗ «Алтай» отличается ЭЭР «Алтай».